TaqMan*荧光PCR是一种新近发展出的技术，使用一个双标记的TaqMan荧光探针，能实时检测产生的PCR产物。荧光5'核酸为PCR化验使用Taq DNA聚合酶下的5'-3'核酸活性切开TaqMan探针，该探针在PCR过程中与目的序列杂交在一起。当探针完整时，荧光染料因接近淬灭染料而被抑制。在PCR过程中，探针会退火到DNA模板上， Taq DNA聚合酶的5'-3'核酸活性切开报告染料和淬灭染料，导致报告染料的信号增多。剩余的探针从目的序列上分离开，使PCR反应继续。荧光的强度和放入的目的DNA量直接相关。荧光信号通过使用ABI Prism 7000或7700序列检测系统（PE Applied Biosystems）捕获，允许快速检测96孔样品。该仪器在PCR过程中通过分析每个循环作为扩增模板结果的莹光信号来确定目的模板的最初量。达到荧光检测水平花费的循环数越少，最初量越大。引物和探针必须杂交到目的序列上来扩增和发生切割。荧光信号只在探针的目的序列在PCR中扩增的情况下产生。因为这些条件，所以不会检测到非特异性扩增。